Nel 1868 Giovanni Querini Stampalia fonda per testamento un’istituzione con il compito di “promuovere il culto dei buoni studi e delle utili discipline”.

È la vocazione sempre attuale della Fondazione: essere un luogo di ricerca e formazione, d’incontro e confronto, di crescita personale e diffusione della conoscenza.
La storia della Fondazione è legata alle vicende della famiglia Querini Stampalia e, in particolare, al suo ultimo discendente: il Conte Giovanni.

Nel 1868 il conte lascia in eredità alla città di Venezia l’intero patrimonio familiare: i beni mobili e immobili, le collezioni artistiche e quelle librarie, affinché divengano di uso pubblico.